A base de dados APERJ contém informações sobre os documentos que integram o acervo arquivístico da instituição. Constituída a partir de uma estruturação multinível, ou seja, do geral para o particular, permite a pesquisa em fundos e coleções sob custódia do APERJ articulando diferentes níveis de descrição.

O sistema utilizado é o AtoM (versão 2.2.1), um aplicativo de descrição arquivística para a web desenvolvido em conformidade com os padrões de normatização do Conselho Internacional de Arquivos (ICA).

No primeiro nível, a base atua como Guia de Fundos e permite um mapeamento panorâmico do acervo, fornecendo informações gerais sobre os fundos e coleções tais como: título, nome e história de seu(s) produtor(es), datas-limites, dimensões, gêneros documentais, conteúdo dos documentos, sistema de organização e condições de acesso.

Explorando a hierarquia dos níveis de descrição é possível examinar com maior detalhamento a documentação correspondente a cada um dos produtores.

O sistema permite ainda a pesquisa livre (basta digitar palavras ou termos diretamente na 'caixa de pesquisa', pressionar Enter ou clicar no ícone luneta, à direita) ou, ainda, a pesquisa avançada (Guia de Pesquisa Avançada).

A base de dados APERJ está em constante alimentação e revisão e, na medida em que os fundos/coleções forem tratados, as informações serão disponibilizadas para consulta na web.

Em novembro de 2024, o APERJ conta com 39 fundos documentais e 25 coleções particulares sob sua guarda. Destes, 35 contam com instrumento de pesquisa, sendo 2 desses fundos em processo de elaboração. Outros 20 fundos e coleções contam com instrumentos preliminares (identificação preliminar do conteúdo das caixas; listagens de documentos recolhidos etc.). Outros 9 acervos não contam com quaisquer instrumento de pesquisa e seguem aguardando tratamento técnico.